개척 교회 홈페이지라면 코어로 설치하시는게 좋겠네요.

풀버젼은 다름이 아니라 카페와 블로그서비스가 함께있는 것 입니다.

그리고 어차피 업데이트도 해야하니까 코어를 추천합니다.

xe_full_1.2.4
XE 1.2.4 풀버전입니다. XE는 물론 추가 모듈/위젯, 플래너, 카페XE 등을 포함합니다.
다음 버전인 1.2.5 버전부터 코어 버전으로 공개되며, 현재의 풀버전은 꽤 오래된 구버전입니다.

xe_core_1.4.3
핵심 기능만 포함하는 코어 버전입니다. 기본 기능만 지원하며 추가 모듈/위젯, 플래너, 카페XE 등을 포함하지 않습니다.
심지어 게시판 모듈도 없어 따로 설치해 주어야 합니다만, 쉬운 설치 기능으로 쉽게 설치할 수 있습니다.
현재 1.4.3.1 버전이 최신 버전입니다.

용량만 가지고 비교하면 코어가 훨씬 가볍습니다.
처음에 좀 귀찮아도 필요하지 않는 기능까지 설치하진 않으니 용량 확보 등에서 유리합니다.
코어 버전에서 빠진 추가 위젯의 경우, 자료실에 1.2.4 위젯 패키지가 있으므로 그걸 설치하시면 됩니다.

레이아웃은..주관적인 부분이라 차이가 있어 딱 집어드리긴 어렵네요.
보통 Elkha, Crom Design, TOUCHMIND, Milatte 님께서 제작하신 레이아웃이 많이 쓰입니다.
최근에는 팅이나라, DRAWHOLIC 님께서 제작하신 레이아웃도 많이 쓰이는 추세입니다.